南京博物院和南京博物館在級別、展品數量和側重點上存在明顯區別。
首先，南京博物院屬于省級博物館，是中國三大博物館之一，創建于1933年，前身是國立中央博物院籌備處。它是一座大型綜合性的歷史與藝術類博物館，位于南京城東中山門內中山東路321號，占地約13萬平方米。館內藏品高達42余萬件，包括各種珍貴的藝術品、歷史文物和考古發現，是集參觀、研究、教育為一體的綜合性機構。
南京博物院常設展覽有歷史館、藝術館、特展館、數字館、民國館和非遺館等六個部分。歷史館常設“江蘇古代文明展”，藝術館則按照藝術品的質地分類展陳館藏珍品。特展館重點打造一流水平的精品展覽，非遺館則通過動態方式展示江蘇省國家級非物質文化遺產名錄項目。民國館重點展示民國時期首都南京的社會生活風情，數字館則以網絡科技和現場互動相結合的方式，帶給觀眾全新的古代文明體驗。
相比之下，南京市博物館屬于市級博物館，是一座綜合性的歷史藝術類博物館，館址為朝天宮，是江南地區最大的官式古建筑群，并是全國重點文物保護單位之一。南京市博物館的常設展覽有《龍蟠虎踞——南京城市史展》、《玉堂佳器——館藏精品展》、《云裳簪影——館藏宋明服飾展》等。
總的來說，南京博物院以其豐富多樣的展品和深入的研究成果，成為了全國最具影響力的博物館之一，而南京市博物館則以其獨特的地理位置和展覽內容，為游客提供了了解南京歷史和文化的重要窗口。
