南京博物院：位于南京市玄武區(qū)中山東路321號，是中國三大博物館之一，也是中國第一座由國家投資興建的大型綜合類博物館。南京博物院占地13萬余平方米，為“一院六館”格局，即歷史館、特展館、數(shù)字館、藝術館、非遺館、民國館。
侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館：位于南京市建鄴區(qū)水西門大街418號，通稱江東門紀念館，選址于南京大屠殺江東門集體屠殺遺址及遇難者叢葬地，是中國首批國家一級博物館，首批全國愛國主義教育示范基地，全國重點文物保護單位，首批國家級抗戰(zhàn)紀念設施、遺址名錄，也是國際公認的二戰(zhàn)期間三大慘案紀念館之一。
六朝博物館：位于江蘇省南京市玄武區(qū)長江路302號總統(tǒng)府東側(cè)，是一座展示六朝文化及文物遺存的專題性博物館。
南京云錦博物館：位于江蘇省南京市建鄴區(qū)茶亭東街240號，主要展示以南京云錦為代表的我國民族織錦藝術。
明孝陵博物館：位于江蘇省南京市玄武區(qū)四方城1號3號樓，是關于明太祖朱元璋、世界文化遺產(chǎn)明孝陵和南京明文化的專題展館。
江寧織造博物館：位于江蘇省南京市玄武區(qū)長江路123號，建筑整體風格是取中國山水畫中深遠、高遠、平遠之意境。
江南文化絲綢博物館
金陵竹刻藝術博物館
南京直立人化石遺址博物館
南京古生物博物館
中華指紋博物館
南京市越劇博物館
周園（佛教文化、徽派建筑主題）
老城南記憶館等。
這些展覽館涵蓋了不同領域和主題，如絲綢、竹刻、化石、古生物、指紋、越劇等。每個展覽館都有其獨特的特色和亮點，可以滿足不同人群的參觀需求。
